W 2013 roku Bartłomiej był pierwszym od prawie 1000 lat patriarchą Konstantynopola, który wziął udział w inauguracji pontyfikatu rzymskiego papieża - Franciszka. Bartłomiej pragnął, aby w maju razem mogli świętować 1700. rocznicę pierwszego soboru powszechnego w Nicei, w historycznym miejscu w Turcji.

Według portalu informacyjnego orthodoxia.info, Bartłomiej wyraził nadzieję, że następca Franciszka uda się w tym roku do Nicei (obecnie İznik). Patriarcha powiedział, że pragnie przekazać następnemu papieżowi „przesłanie jedności, miłości, braterstwa i wspólnej drogi ku przyszłości Kościołów, ku przyszłości chrześcijaństwa”.

Pierwszy sobór powszechny w Nicei, na południowy wschód od Stambułu, odbył się w 325 roku. Ogłoszone wówczas wyznanie wiary zapoczątkowało nowy okres w historii Kościoła, jak niedawno podkreślił Bartłomiej. Patriarcha ekumeniczny wielokrotnie opowiadał się za tym, aby wszyscy chrześcijanie w przyszłości zawsze obchodzili Wielkanoc w tym samym dniu.

Bartłomiej złożył kondolencje już w dniu śmierci Franciszka, w Poniedziałek Wielkanocny. Papieża i patriarchę Konstantynopola łączyła bliska, osobista przyjaźń. W oświadczeniu opublikowanym przez Patriarchat Bartłomiej określił papieża Franciszka jako „drogiego brata w Chrystusie” i „prawdziwego przyjaciela prawosławia”.

Przez dwanaście lat swojego pontyfikatu Franciszek był „wiernym przyjacielem, towarzyszem i zwolennikiem Patriarchatu Ekumenicznego”, stwierdził patriarcha Bartłomiej.